Оценка качества подготовки выпускников должна осуществляться с позиций компетентностного подхода, для реализации которого вузам необходимо перестроить не только образовательный процесс, но и систему контроля на основе введения компетентностно-ориентированных заданий. Компетенции являются многомерными надпредметными характеристиками качества подготовки выпускника вуза, выражают способность применять знания, умения и практический опыт для успешной трудовой деятельности, поэтому использование только традиционных тестовых заданий с выбором ответов будет уже явно недостаточно, потребуется создание комплексных измерителей, разработанных с использованием инновационных педагогических технологий. В статье обобщен опыт создания тестовых заданий, используемых для оценки качества подготовки специалистов, бакалавров и магистров биологии, экологии и природопользования. Авторы статьи в течение ряда лет участвовали в разработке тестовых заданий для проведения школьных экологических олимпиад разных уровней, межвузовских студенческих экологических олимпиад, разрабатывали задания для федерального интернет-экзамена в сфере профессионального образования по биологии, экологии, ботанике, физиологии растений и других.